Jedną z cech najczęściej wymienianych przez właścicieli basenji jest niemal całkowity brak charakterystycznego „psiego” zapachu. Rasa ta, dzięki krótkiej sierści, niewielkiej ilości podszerstka oraz intensywnym zachowaniom pielęgnacyjnym przypominającym kocie mycie, zwykle pozostaje neutralna zapachowo. W przeciwieństwie do wielu innych ras basenji zazwyczaj nie wydziela wyraźnego zapachu również po zmoknięciu.

Psy tej rasy łatwo natomiast przejmują zapach otoczenia, w którym przebywają — legowiska, dymu, tekstyliów czy innych zwierząt — dlatego ich zapach częściej odzwierciedla środowisko niż cechy samego psa. Warto jednak pamiętać, że pojawienie się intensywnego lub nietypowego zapachu może świadczyć o problemach dermatologicznych, chorobach uszu lub zaburzeniach zdrowotnych i zawsze powinno skłonić do kontroli weterynaryjnej.